Anatahan filminin konusu, 1944 yılının Haziran ayında, on iki Japon denizcinin, bazı askerler ve balıkçıların, Japonya ile Yeni Gine arasında Amerikan uçakları tarafından batırılan ikmal gemilerinden kurtulup, Anatahan adlı ıssız bir adaya gitmeleridir. Yedi yıl boyunca bu adada mahsur kalan denizcilerin tek sakinleri, terk edilmiş bir copra plantasyonunun gözetmenidir ve genç bir Japon kadındır. Adamlardan ikisi, bir Amerikan uçağının enkazında iki tabanca bulur.