En iyi pamuk tohumu seçimi, çeşitli faktörlere bağlı olarak değişiklik göstermektedir: Verimlilik: Upland pamuk (Gossypium hirsutum) ve transgenik pamuk tohumları, yüksek verim potansiyelleri ile öne çıkmaktadır. Hastalık ve zararlılara dayanıklılık: Tüm yüksek kaliteli tohumlar, çeşitli hastalıklara karşı dirençlidir ve pestisit kullanımını azaltır. İklim uyumu: Pima pamuk (Gossypium barbadense) sıcak ve kuru koşullarda, Egyptian pamuk ise özel iklim koşulları gerektiren bölgelerde iyi performans gösterir. Lif kalitesi: Pima ve Egyptian pamuk türleri, uzun ve kaliteli lifleri ile lüks tekstil ürünlerinde tercih edilir. Tohum seçimi yaparken, yerel iklim koşulları, pazar talepleri ve ekonomik durum gibi faktörler de dikkate alınmalıdır.