Beşiktaş Kabataş Erkek Lisesi'nde şu bölümler bulunmaktadır: 1. Fen Bölümü: Bilim, matematik ve teknolojinin temel kavramları üzerine eğitim. 2. Türk Bölümü: Türk dili, edebiyatı ve kültürü. 3. Matematik Bölümü: Matematiksel düşünme becerilerini geliştirme. 4. Sosyal Bölüm: Tarih, coğrafya, felsefe ve sosyoloji gibi sosyal bilimler. 5. Yabancı Dil Bölümü: İngilizce, Almanca, Fransızca ve İspanyolca dillerinde eğitim.