Jose Mourinho, Fenerbahçe'de herhangi bir kupa kazanmamıştır. Ancak, Mourinho'nun kariyeri boyunca kazandığı bazı önemli kupalar şunlardır: UEFA Şampiyonlar Ligi: Porto (2004), Inter (2010). UEFA Avrupa Ligi: Manchester United (2017). UEFA Avrupa Konferans Ligi: Roma (2022). Lig Şampiyonlukları: Portekiz Ligi (2003, 2004), İngiltere Premier Ligi (2005, 2006, 2015).