Genelkurmay Başkanlığı'nın içi, Türk Silahlı Kuvvetleri'nin komuta merkezi olarak şu şekilde yapılandırılmıştır: 1. Genelkurmay Başkanı: Türk Silahlı Kuvvetleri'nin komutanı olup, Cumhurbaşkanı tarafından atanır ve savaş zamanında başkomutanlık görevini yerine getirir. 2. Kuvvet Komutanlıkları: Kara, Deniz ve Hava Kuvvetleri Komutanlıkları, doğrudan Milli Savunma Bakanı'na bağlıdır. 3. Genelkurmay Karargahı: Genelkurmay Başkanı'nın emir ve talimatlarını uyguladığı, personel, istihbarat, harekat, teşkilat ve eğitim hizmetlerini yönettiği birimdir. 4. J Başkanlıkları: Genelkurmay karargâhında bulunan ve en kritik karargâh görevleri arasında yer alan birimlerdir. Genelkurmay Başkanlığı'nın görevleri arasında, Silahlı Kuvvetlerin savaşa hazırlanması ve uluslararası askeri anlaşmaların askeri yönlerinin tayini de bulunmaktadır.