F-16 filolarının farklı renklerde olmasının birkaç nedeni vardır: Gece ve gündüz görev kodlamaları: Örneğin, Türk Hava Kuvvetleri'ne ait 161. Filo Komutanlığı, gündüzleri "Kartal" çağrı adını kullanırken, gün battığında "Yarasa" olarak kodlanır. Modernizasyon ve versiyon farklılıkları: F-16'ların farklı versiyonları ve modernizasyon seviyeleri de renk farklılıklarına yol açabilir. Ayrıca, bazı F-16'lar, örneğin Agressor Filo'ya ait olanlar, belirli bir ülkenin savaş uçaklarının renklerine boyanarak, düşman uçaklarını taklit etmek amacıyla kullanılır.