Yumurtalık Lagünü Milli Parkı'nda yaşayan bazı hayvan türleri: Kuşlar: Flamingolar, pelikanlar, kaşıkçılar, saz delicesi, bataklık kırlangıçları, kıyı kuşları, toy, yaz ördeği, turaç, turna, akça cılıbıt, mahmuzlu kız kuşu, küçük sumru ve İzmir yalıçapkını. Sürüngenler: Nil kaplumbağası, benekli kaplumbağa, iribaş deniz kaplumbağası, yeşil kaplumbağa, su kaplumbağaları, yılanlar ve kertenkeleler. Memeliler: Anadolu gelengisi, Avrasya su samuru, vaşak, yaban keçisi ve yarasalar (uzun parmaklı yarasalar dahil). İki yaşamlılar: Gece ve toprak kurbağaları. Ayrıca, lagün çevresi, Akdeniz'in nadir deniz kaplumbağalarının yuvalama alanlarından biridir.