NieR: Automata, oyuncuları insanlık, varoluş ve özgürlük gibi temel felsefi sorularla yüzleştirir. Oyun ayrıca, ölüm ve yeniden doğuş, bireyin kendisi ve kişinin gerçek özünün ne olduğu gibi konuları da ele alır. NieR: Automata'nın hikayesi, androidler 2B, 9S ve A2'nin, makine yaşam formları tarafından ele geçirilen distopyayı geri alma savaşını anlatır.