"The Matrix Reloaded" (Matrix 2), özgürlük savaşçıları Neo, Trinity ve Morpheus'un Makine Ordusu'na karşı isyanını konu alır. Filmin hikayesi özetle şu şekildedir: Makineler, insanların özgürce yaşayabildiği tek şehir olan Zion'un yerini öğrenir. Şehri yok etmek için ahtapota benzer yaratıklardan binlercesini göndermeye karar verirler. Neo ve arkadaşları, bunu engellemek için makinelerin dünyasının sırlarını bilen "Anahtarcı"yı bulmalıdır. Ancak Anahtarcı, "İkizler" adlı yaratıklar tarafından korunmaktadır. Bu arada Ajan Smith, kendini geliştirerek klonlanmayı öğrenmiştir.