"Labirent: Son İsyan" filmi, Thomas ve arkadaşlarının Minho'yu kurtarmak için W.I.C.K.E.D.'a karşı verdikleri mücadeleyi anlatıyor. Özetle, olaylar şöyle gelişir: - Thomas ve arkadaşları, Labirent'ten kurtulduktan sonra tutuldukları tesisten kaçarak W.I.C.K.E.D. organizasyonuna direnen isyancı grup Right Hand ile birleşirler. - Ancak Teresa'nın ihaneti sonucu grup, tekrar W.I.C.K.E.D. ile mücadele etmek zorunda kalır ve Minho'nun organizasyon tarafından yakalanmasını engelleyemezler. - Minho'yu kurtarmak için yola çıkan Thomas ve arkadaşları, organizasyonun peşine düşerler ve aldıkları kararlar sadece dostlarının değil, dünyanın da kaderini değiştirecektir.