Kılkuyruklar, beslenme alışkanlıklarına göre farklı dönemlerde çeşitli gıdalarla beslenirler: İlkbahar ve yaz aylarında taze otlar, çiçekler ve yeşil yapraklar gibi genç bitkilerle beslenirler. Sonbaharda, daha fazla yağ depolamak için tahıllar, kurumuş otlar ve kökler gibi besin kaynaklarına yönelirler. Kışın, yiyecek bulmak zorlaştığı için depoladıkları yağ ve kas kaynaklarıyla hayatta kalmaya çalışırlar. Üreme döneminde ise su böcekleri, yumuşakçalar ve kabuklular gibi omurgasız hayvanlarla beslenirler. Ayrıca, kılkuyruklar yüzerken bitki arayarak da beslenirler.