Teen Wolf'un 3A ve 3B sezonları, dizide toplam 24 bölüm olacak şekilde iki ayrı hikaye arkını işler. 3A sezonu, Scott McCall, Allison Argent ve Stiles Stilinski'nin, Beacon Hills'te yeni bir düşman olan ölümcül Alfa Paketi ile yüzleşmelerini konu alır. 3B sezonu, Scott'ın Alfa olarak yerini bulmaya çalışırken, Stiles ve Allison'ın Nogitsune'un etkisi altında kalması ve Kira Yukimura adlı yeni bir öğrencinin ortaya çıkmasıyla devam eder. Ayrıca, 3. sezonda, Oni adlı Japon cin ninjaları, Beacon Hills'te Nogitsune'u aramaya başlar.