Rüstem Paşa Medresesi'nin bölümleri: Dershane. On hücre. Avlu. Medresede ayrıca camiye göre daha düşük nitelikte işçilik ve yapım tekniği kullanılmıştır. İstanbul ve Kütahya'daki Rüstem Paşa Medreseleri'nin bazı ortak özellikleri: Açık avlulu klasik Osmanlı mimarisiyle inşa edilmişlerdir. Her iki medrese de 1550 yılında inşa edilmiştir. Ancak, Kütahya'daki medrese, Rüstem Paşa'nın Anadolu beylerbeyiliği görevi sırasında değil, birinci sadrazamlığı döneminde yaptırılmıştır.