Kolonoskopik biyopsi sırasında kanser riski oldukça düşüktür, çünkü bu işlem genellikle güvenli ve kontrollü bir şekilde gerçekleştirilir. Ancak, biyopsi yapılan bölgede kanama veya bağırsak delinmesi gibi komplikasyonlar olabilir. Kolonoskopi ve biyopsi ile ilgili riskleri en aza indirmek için, işlemin deneyimli bir gastroenteroloji uzmanı tarafından yapılması önemlidir.