Aydın Doğan, Petrol Ofisi (POAŞ) ile ilgili akaryakıt kaçakçılığı ve örgüt liderliği iddiaları nedeniyle hapse girme riskiyle karşı karşıya kalmıştır. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'nın 2001-2008 yılları arasındaki dönemi kapsayan soruşturmasında, Doğan Holding Onursal Başkanı Aydın Doğan ve İş Bankası Yönetim Kurulu Başkanı Ersin Özince hakkında 8,5 yıldan 24,5 yıla kadar hapis cezası talep edilmiştir. Ancak, bu iddianame sonrasında açılan dava, çeşitli eleştiriler ve delil eksiklikleri nedeniyle tartışmalı olmuştur. Aydın Doğan'ın hapse girip girmediği hakkında güncel bilgi bulunmamaktadır.