Goya's Ghosts (Goya'nın Hayaletleri) filmi, 1792 yılında İspanya'da geçen ve ünlü İspanyol ressam Francisco Goya'nın gözünden Engizisyon İspanya'sını eleştiren bir yapımdır. Filmin hikayesi özetle şu şekildedir: Ressam Francisco Goya'nın eseri, İspanyol Engizisyonu'nu rahatsız eder. Kardeş Lorenzo Casamares, Goya'yı portresini çizmesi için tutar. Lorenzo, sonunda Engizisyon'a güç katma yetkisi alır. Goya, poz verirken Lorenzo bir tablo görür ve model Inés'i sorar. Inés, zengin tüccar Tomás Bilbatúa'nın kızıdır. Inés, domuz eti yemeyi reddederek "Yahudilik" suçlamasıyla Engizisyon tarafından çağrılır, tutuklanır ve çıplak bir şekilde işkence görür. Tomás, Goya'dan yardım ister ve Goya, Lorenzo'dan Inés'in durumunu öğrenmesini ister. Lorenzo, zindanda çıplak olan Inés'i bulur ve ona yardım ediyormuş gibi yaparak ailesine bir mesaj iletmesini sağlar. Daha sonra, Lorenzo, Inés'e tecavüz eder. Tomás, durumu Kral Charles IV'e iletir ve kral, Inés'in durumunu araştıracağına söz verir. Engizisyon, belgeyi utanç verici bulur ve Lorenzo, tutuklanmamak için Fransa'ya kaçar. On beş yıl sonra, Fransız ordusu İspanya'yı işgal eder, Engizisyon'u kaldırır ve mahkumları serbest bırakır. Lorenzo, şimdi Fransız Devrimi'nin fanatik bir yandaşıdır ve Napolyon'un eski meslektaşlarına karşı başsavcısıdır. Bir Fransız gösteri mahkemesi, Engizisyon'un eski meslektaşlarından biri olan Gregorio'yu ölüme mahkum eder. Ailesi ölmüş olan Inés, yıllar önce doğurduğu kızını bulmak için şimdi sağır olan Goya'ya başvurur. Çocuk, doğumunda elinden alınmıştır. Lorenzo, baba olmaktan utanarak, sonunda Inés'i bir akıl hastanesine gönderir. Lorenzo, araştırır ve yıllar önce kaçtığı yetimhaneye yerleştirilen çocuğun, Alicia adında bir kız olduğunu öğrenir. Go