ClustalW ile çalışmak için aşağıdaki adımları izlemek gerekmektedir: 1. ClustalW web uygulamasına erişim: ClustalW'ye, "Web Apps -> Clustal" menü çubuğundan veya doğrudan [http://i5k.nal.usda.gov/webapp/clustal/](https://i5k.nal.usda.gov/webapp/clustal/) adresinden erişilebilir. 2. Dizi sorgulama: "Query Sequence" alanına dizi sorgusunu yapıştırın veya diskten yükleyin. 3. Parametre ayarı: Doğru ClustalW programı seçildikten sonra, arama için parametreleri özelleştirin. 4. Arama başlatma: Tüm ayarlar tamamlandığında "Search" düğmesine basın. 5. Sonuçların görüntülenmesi: İşlem tamamlandıktan sonra, hizalama dosyası, filogenetik ağaç ve bu işte kullanılan parametreler dahil olmak üzere gönderim detaylarını içeren sonuçlar görüntülenecektir. Ayrıca, Clustal-SA algoritması gibi daha gelişmiş yöntemler de mevcuttur ve bu algoritmalar, hizalama skorunu ve eşleşen sütun sayısını optimize etmek için sezgisel yaklaşımlar kullanır.