Borna virüsünün belirtileri enfekte olan türe göre değişiklik gösterebilir: Atlarda: Yem alımında bozukluklar, ateş, uyku hali, hafif kolik belirtileri, kabızlık veya ishal, penisin sürekli sarkması, baş ve ekstremitelerde aşırı duyarlılık, kas seğirmesi, yürüme bozuklukları ve dairesel hareketler. Koyunlarda: Davranış değişiklikleri, ilgisizlik, yem tüketiminde azalma, diş gıcırdatma, dairesel hareket, yere düşme ve çırpınma. İnsanlarda: Baş ağrısı, ateş, genel halsizlik, ardından sinir sistemini etkileyen belirtiler: davranış bozuklukları, konuşma ve yürüme problemleri. Borna virüsü, enfekte kişilerde çoğunlukla ölümle sonuçlanan ciddi ensefalit vakalarına neden olur.