Endonezya'nın haritasının farklı olmasının nedeni, ülkenin 17.000'den fazla adadan oluşması ve bu adaların coğrafi konumlarının çeşitlilik göstermesidir. Endonezya, Güneydoğu Asya'da, Asya ve Avustralya kıtaları arasında köprü kuran stratejik bir konuma sahiptir. Endonezya'nın bazı önemli adaları şunlardır: Büyük Sunda Adaları: Sumatra, Cava, Borneo, Sulawesi. Küçük Sunda Adaları: Bali, Lombok, Sumba, Sumbawa, Flores. Moluk Adaları: Buru, Ceram, Halmehera. Bu adalar arasında çeşitli iç denizler bulunur ve bu denizler derin yapılarıyla dikkat çeker.