Alper Çağlar'ın ailesi farklı kökenlere sahiptir: Babası, Prof. Dr. Arif Çağlar, Adana, Kozanlı Yörük kökenlidir. Annesi, Perihan Çağlar, Şanlıurfalı Karakeçili boyundan gelen bir Türkmendir. Ablası, Eda Çağlar'dır. Merhum kız kardeşi, Ecehan Çağlar'dır.