EGD (özofagogastroduodenoskopi) genellikle güvenli bir işlem olarak kabul edilir, ancak bazı riskler ve komplikasyonlar içerebilir. Olası komplikasyonlar: organ duvarının delinmesi; kanama; endoskopun yemek borusu, mide veya ince bağırsakta küçük bir deliğe neden olması. Bazı insanlar, işlem sırasında kullanılan sakinleştirici ve ağrı kesici ilaçlara tepki gösterebilir: nefes almada zorluk; düşük kan basıncı; yavaş kalp atışı; aşırı terleme; gırtlak spazmı. EGD öncesinde, doktorun önerdiği şekilde, aspirin ve diğer kan sulandırıcı ilaçların kullanımı durdurulmalıdır. EGD'nin tehlikeleri hakkında daha fazla bilgi için bir sağlık uzmanına danışılması önerilir.