Endoskopide görüntülenebilen organlar, yapılan endoskopi türüne göre değişiklik gösterir: Gastroskopi ile yemek borusu, mide ve onikiparmak bağırsağı incelenir. Kolonoskopi ile kalın bağırsak ve rektum incelenir. Bronkoskopi ile solunum yolları ve akciğerler incelenir. ERCP (Endoskopik Retrograd Kolanjiyopankreatografi) ile safra kanalları ve pankreas kanalları incelenir. Sistoskopi ile mesane ve idrar yolları incelenir. Torakoskopi ile göğüs boşluğu ve akciğer zarı incelenir. Artroskopi ile eklemler incelenir. Ayrıca, endoskopi yöntemi sindirim sistemi dışında kadın üreme sistemi, kulak ve idrar yolu gibi farklı bölgelerde de kullanılabilir.