İBB ve bakanlık metrolarını ayırt etmek için birkaç yöntem kullanılabilir: Logo: Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı tarafından inşa edilen ve işletilen metrolarda "U" logosu kullanılırken, İstanbul Büyükşehir Belediyesi'ne ait metrolarda farklı renk ve isimlerdeki logolar kullanılır. İşletme: İBB'ye ait metroların işletmesi İstanbul Büyükşehir Belediyesi'ne bağlı Metro İstanbul tarafından yapılırken, bazı hatlar Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı adına TCDD Taşımacılık tarafından işletilmektedir. Hat İsimleri: İBB'ye ait hatlarda genellikle "M" harfi ile başlayan isimler kullanılırken, bakanlık hatlarında farklı isimler veya "U" harfi kullanılabilir. Örneğin, M1ᴀ ve M1ʙ hatları İstanbul Büyükşehir Belediyesi tarafından işletilirken, M11 hattı Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığı tarafından işletilmektedir.