En iyi kapya biber çeşidi, yetiştirme koşullarına ve tercihlere göre değişiklik gösterebilir. Ancak, bazı yaygın ve verimli kapya biber çeşitleri şunlardır: 1. Kırmızı Kapya: Yüksek verimliliği ve hastalıklara karşı dayanıklılığı ile bilinir. 2. Aydın Kapya: Aydın bölgesine özgü olup, tat ve aroma açısından zengindir. 3. Sakız Biberi: Hem verim hem de lezzet açısından başarılı bir çeşittir. 4. Kıbrıs Biberi: İklim değişikliklerine karşı dayanıklı ve yüksek verimlidir. Ayrıca, F1 hibrid kapya biberleri de hastalıklara karşı dirençli olmaları ve uzun hasat dönemleri ile yüksek verim sunmaları nedeniyle tercih edilebilir.