NieR: Automata, oyuncuları insanlık, varoluş ve özgürlük gibi temel felsefi sorularla yüzleştirir 1. Oyun, insan yaratıcılarının yok oluşu sonrasında anlamını yitirmiş bir mücadele olarak sunulan androidler ve makineler arasındaki savaşı merkezine alır 1. Bu savaş, oyunculara "Eğer yaratıcılarımız yoksa, bizim amacımız nedir?" gibi sorular sorar ve oyuncuların bu sorulara kendi cevaplarını bulmalarına olanak tanır 1.

Oyun ayrıca, ölüm ve yeniden doğuş, bireyin kendisi ve kişinin gerçek özünün ne olduğu gibi konuları da ele alır 1.

NieR: Automata'nın hikayesi, androidler 2B, 9S ve A2'nin, makine yaşam formları tarafından ele geçirilen distopyayı geri alma savaşını anlatır 45. İnsanlık, başka bir dünyadan gelen mekanik varlıklar tarafından Dünya'dan sürülmüştür 5. İnsan direnişi, gezegeni geri almak için android askerlerden oluşan bir güç gönderir 5. Makineler ve androidler arasında süren savaş, dünyanın uzun zamandır unutulmuş bir gerçeğini ortaya çıkarabilir 5.