Hayalet gemi hikayeleri genellikle gerçek bir olaya dayanmayan, nesilden nesile aktarılan efsanelerdir. Ancak, bazı hayalet gemi hikayeleri gerçek olaylara atıfta bulunabilir. Örneğin, Mary Celeste adlı geminin 1872 yılında mürettebatının tamamen kaybolmasıyla ilgili hikaye, birçok komplo teorisine yol açmıştır. Hayalet gemi gözlemlerinin, atmosferik koşullar veya ışık yansımaları gibi doğal olaylarla açıklanabileceği de düşünülmektedir.