İSKİ'nin bazı biyolojik atık su arıtma tesisleri: Baltalimanı Biyolojik Atık Su Arıtma Tesisi: Beyoğlu, Şişli ve Beşiktaş nüfusunun tamamıyla birlikte Eyüpsultan, Kağıthane ve Sarıyer nüfusunun önemli bir kısmının atık sularını arıtarak deniz kirliliğini önler. Tuzla İleri Biyolojik Atık Su Arıtma Tesisi: Günlük 650 bin metreküp atık su arıtma kapasitesine sahiptir ve yaklaşık 2 milyon 600 bin kişilik nüfusa hizmet eder. Paşabahçe Atık Su Ön Arıtma Tesisi: 575.000 metreküp kapasiteye sahiptir. Küçükçekmece Atık Su Ön Arıtma Tesisi: 354.000 metreküp kapasiteye sahiptir. Ayrıca, İSKİ'nin Ambarlı, Ağva, Ataköy gibi çeşitli bölgelerde de ileri biyolojik atık su arıtma tesisleri bulunmaktadır.