Çekirdek ayıklama makineleri, kabak gibi ürünlerin çekirdeklerini dış kabuklarından ayırmak için çeşitli mekanizmalar kullanır. Çalışma prensibi genel olarak şu adımlardan oluşur: 1. Yükleme: Çekirdekler, makinenin giriş bölümüne yüklenir. 2. Sınıflandırma: İlk aşamada, çekirdekler boyutlarına ve şekillerine göre ayrılır. 3. Temizlik: Dış kabuklar ve istenmeyen maddeler (toz, taş vb.) çekirdeklerden ayrılır. 4. Ayıklama: Ayıklama işlemi, bir dizi dönen silindir veya bantlar aracılığıyla yapılır. 5. Toplama: Son aşamada, iç çekirdekler toplanarak ambalajlama veya depolama işlemlerine hazır hale getirilir.