Pegasus Havayolları, uçuşlarını aşağıdaki durumlarda iptal edebilir: 1. Hava koşulları: Kötü hava koşulları nedeniyle uçuşlar iptal edilebilir. 2. Teknik problemler: Uçaklarda meydana gelen teknik arızalar uçuş iptallerine yol açabilir. 3. Operasyonel nedenler: Havayolu şirketinin operasyonel kararları doğrultusunda uçuşlar iptal edilebilir. Ayrıca, Avrupa Birliği'nin EC 261/2004 düzenlemesi ve Türkiye’deki Sivil Havacılık Genel Müdürlüğü kurallarına göre, uçuşun kalkıştan 14 gün önce veya daha kısa bir süre içinde iptal edilmesi durumunda da tazminat hakkı doğabilir.