Marmara Denizi'nin en temiz yeri olarak birkaç bölge öne çıkmaktadır: Güney Marmara Bölgesi: Daha az endüstriyel faaliyet ve nüfus yoğunluğu nedeniyle temiz denize sahiptir. Kuzey Marmara'daki Korunmuş Alanlar: Örneğin, bazı koylar ve adalar bakir kalmış ve temiz deniziyle dikkat çekmektedir. Marmara Adaları: Büyükada, Heybeliada, Burgazada gibi adalardaki plajlar, yaz aylarında hem yerli hem de yabancı turistlerin tercih ettiği temiz ve berrak deniziyle ünlüdür. Erdek, Balıkesir: Marmara Denizi'ne kıyısı olan Erdek, konumu itibariyle tam körfez noktasında olduğundan temiz denize sahiptir. Ancak, Marmara Denizi'nin temizliği konusunda genel bir değerlendirme yapmak zordur, çünkü deniz kirliliği, gemi trafiği ve kıyı bölgelerindeki atık su arıtma sistemlerinin yetersizliği gibi faktörler temizliği etkileyebilmektedir.