Yeşilbaş ördeklerin kendileri doğrudan tehlikeli değildir, ancak taşıyabilecekleri hastalıklar ve parazitler nedeniyle eko-epidemiyolojik bir risk oluşturabilirler. Yeşilbaş ördekler, özellikle kuş gribi gibi virüsleri semptom göstermeden taşıyabilir ve yayabilirler. Ayrıca, yeşilbaş ördekler, kurşun zehirlenmesi ve genetik kirlilik gibi sorunlara da duyarlıdır. Yeşilbaş ördeklerin nesli tehlike altında değildir, ancak habitat kaybı ve kirlilik gibi faktörler bazı alt türlerinin popülasyonlarını tehdit edebilir.