Yeşilbaş ördeklerin kendileri doğrudan tehlikeli değildir, ancak taşıyabilecekleri hastalıklar ve parazitler nedeniyle eko-epidemiyolojik bir risk oluşturabilirler 1.

Yeşilbaş ördekler, özellikle kuş gribi gibi virüsleri semptom göstermeden taşıyabilir ve yayabilirler 1. 2008 yılında yapılan bir araştırmada, yeşilbaş ördeklerin H5N1 kuş gribi virüsünü uzun süre taşıyabildiği ve geniş alanlarda yayabildiği belirlenmiştir 1. 2014 yılında ise, yeşilbaş ördeklerin H5N8 alt tipi influenza A virüsünü de semptom göstermeden taşıyabildiği ve yayabildiği gözlemlenmiştir 1.

Ayrıca, yeşilbaş ördekler, kurşun zehirlenmesi ve genetik kirlilik gibi sorunlara da duyarlıdır 1.

Yeşilbaş ördeklerin nesli tehlike altında değildir, ancak habitat kaybı ve kirlilik gibi faktörler bazı alt türlerinin popülasyonlarını tehdit edebilir 25.