Endoskopi ile görüntülenebilen organlar, inceleme amacına göre değişiklik gösterir: Gastrointestinal sistem: Özofagus, mide ve bağırsaklar. Solunum sistemi: Bronkoskopi ile solunum yolları ve akciğerler. İdrar yolları: Mesane ve idrar yolları. Kadın üreme sistemi: Rahim, yumurtalıklar ve fallop tüpleri. Eklem boşlukları: Artroskopi ile diz, omuz veya kalça gibi eklemler. Ayrıca, kapsül endoskopisi ile ince bağırsak da görüntülenebilir.