Transrektal ve transperineal biyopsi arasındaki temel farklar şunlardır: Uygulama yeri: Transrektal biyopsi, rektumdan yapılır. Transperineal biyopsi, perineum adı verilen bölgeden, yani anüs ile skrotum (testis torbası) arasındaki alandan yapılır. Enfeksiyon riski: Transperineal biyopsi, rektumdan geçilmediği için enfeksiyon riski daha düşüktür. Transrektal biyopsi, rektumdan geçen bir işlem olduğu için enfeksiyon riski daha yüksektir. Hedefleme ve erişim: Transperineal biyopsi, prostatın daha geniş alanlarına ulaşmayı mümkün kılabilir ve dolayısıyla daha fazla örnek alınabilir. Transrektal biyopsi genellikle daha sınırlı bir örnekleme alanı sunar. Her iki biyopsi yöntemi de kendi içinde avantajlara sahiptir ve hangisinin üstün olduğu, hastanın spesifik durumu ve ihtiyacına göre değişir.