Omega-3 takviyelerinin yan etkileri arasında şunlar bulunabilir: Sindirim sistemi bozuklukları: Gaz, şişkinlik, reflü, ishal. Kanama riski: Trombosit agregasyonunun baskılanması nedeniyle kanama süresinin uzaması. Karaciğer enzimlerinde artış: Yüksek dozlarda etil ester formu kullanıldığında. Balık tadı veya kokuya duyarlılık. Kan basıncında düşme. Kan şekerinde yükselme. Uykusuzluk. A vitamini zehirlenmesi (özellikle morina karaciğeri yağı gibi A vitamininden zengin takviyelerde). Alerjik reaksiyonlar (kurdeşen, nefes alırken zorlanma, yüzde, dudakta, dilde ve boğazda şişme). Yan etkilerin ortaya çıkması durumunda bir doktora danışılması önerilir.