Nodül biyopsisinde tercih edilen yöntem, nodülün konumuna ve özelliklerine bağlı olarak değişir. En sık kullanılan nodül biyopsi yöntemleri şunlardır: 1. İnce İğne Aspirasyon Biyopsisi (İİAB): Tiroid nodüllerinde sıkça kullanılır. 2. Kalın İğne Biyopsisi (Tru-cut veya Kor Biyopsi): Daha kalın bir iğne kullanılarak dokudan küçük bir silindir şeklinde parça çıkarılır. 3. Endoskopik Biyopsi: Endoskopik yöntemlerle mide, barsak, mesane veya eklem içinden küçük doku parçalarının alınmasıdır. 4. Açık Cerrahi Biyopsi: Şüphelenilen kitlenin veya organın bir kısmının ameliyathanede genel anestezi altında çıkarılmasıdır. Biyopsi yöntemi, uzman doktorlar tarafından belirlenmeli ve uygulanmalıdır.