Kemoterapinin yan etkileri iki farklı sınıfa ayrılır: erken ve geç yan etkiler. Erken yan etkiler, tedavi sürecinde ortaya çıkar ve genellikle tedavinin tamamlanmasının ardından tamamen kaybolur. Geç yan etkiler ise tedavi sürecinden uzun bir süre sonra, bazen tedaviden aylar veya yıllar sonra ortaya çıkar. Kemoterapinin yan etkilerinin süresi ve şiddeti, kullanılan ilaçlara, dozuna, hastalığın türüne ve hastanın genel sağlık durumuna bağlı olarak değişir. Kemoterapi öncesi ve sırasında yan etkiler hakkında doktorla detaylı bir görüşme yapılması önerilir.