Heparin, aşağıdaki durumlarda kontrendikedir: 1. Heparine karşı bilinen alerji: Heparin veya bileşenlerine karşı alerjisi olan hastalarda kullanılmamalıdır. 2. Aktif majör kanama: Aktif ve ciddi kanama durumlarında kontrendikedir. 3. Hemofili ve diğer pıhtılaşma bozuklukları: Bu tür kan hastalıkları olan hastalarda kullanılmamalıdır. 4. Şiddetli trombositopeni: Trombosit sayısının 100.000 mm3'den daha az olduğu durumlarda kontrendikedir. 5. Gastrointestinal ülser: Mide ve bağırsak ülserlerinde kullanılmamalıdır. Ayrıca, heparin hamilelik ve emzirme döneminde, beyin ve omurilik ameliyatları sonrası, düşük tehdidinde de dikkatli kullanılmalıdır.