Jinekoloji ve onkoloji arasındaki temel fark, her iki alanın da ilgilendiği hastalık türlerinin farklı olmasıdır. - Jinekoloji, kadın üreme sistemi ile ilgili genel sağlık, gebelik, doğum ve üreme sistemiyle ilgili hastalıkların tanı ve tedavisi ile ilgilenir. - Onkoloji ise, kanserlerin tanı, tedavi ve takibi ile ilgilenen bir tıp dalıdır. Jinekolojik onkoloji ise, kadın üreme organlarındaki kanserlerin spesifik olarak incelenmesi ve tedavisi ile ilgilenen bir jinekoloji alt dalıdır.