İlizarov ameliyatı, her cerrahi işlem gibi bazı riskler içermektedir. Bu riskler arasında: Enfeksiyon: Ameliyat bölgesinin sterilizasyonuna dikkat edilmemesi durumunda enfeksiyon riski artabilir. Kan pıhtıları: Özellikle bacaklarda oluşabilir ve akciğer embolisi gibi ciddi durumlara yol açabilir. Sinir ve damar hasarı: Ameliyat sırasında sinirler veya damarlar zarar görebilir, bu durum uyuşma, karıncalanma, kas zayıflığı veya ağrıya neden olabilir. Uzamanın gecikmesi veya durması: Nadir durumlarda kemik uzaması istenilen şekilde gerçekleşmeyebilir. Eklem sertliği: Eklemin hareket açıklığını sınırlayabilir. Dış fixatör: Ciltte tahrişe ve yara izi oluşumuna neden olabilir. İlizarov ameliyatı, deneyimli bir cerrah tarafından ve donanımlı bir klinikte yapılmalıdır.