Peritoneal diyalizin yan etkileri arasında şunlar bulunabilir: Enfeksiyonlar: Karın zarının iltihaplanması (peritonit), kateter çıkış yeri ve tünel enfeksiyonları. Diğer ciddi yan etkiler: Kan testlerinde anormallikler (örneğin, sodyum ve potasyum düzeylerinde azalma); Bulantı, kusma, ishal, kabızlık; Vücutta sıvı birikimi (ödem), karında gerginlik veya rahatsızlık hissi; Bayılma, nefes darlığı; Kaşıntı, döküntü ve ürtiker gibi cilt hastalıkları. Ayrıca, periton diyalizi sırasında protein, amino asit veya vitamin kaybı da olabilir. Herhangi bir yan etki durumunda, derhal bir doktora veya periton diyalizi merkezine başvurulmalıdır.