HBsAg ve HBeAg'nin negatif olmasının birkaç nedeni olabilir: 1. İyileşme Süreci: HBsAg, akut hepatit B enfeksiyonunda belirtiler ortaya çıkmadan önce pozitif olur ve iyileşme sürecinde kandan yok olur. 2. Taşıyıcılık: Bazı durumlarda HBsAg, karaciğer hücrelerinde ölçülemeyecek kadar düşük miktarda kalabilir ve bu kişilere taşıyıcı denir. 3. Mutant HBV Enfeksiyonu: HBeAg'nin negatif olmasına rağmen, anti-HBe antikorlarının pozitif olması, mutant HBV enfeksiyonunu gösterebilir. 4. Başarılı Tedavi: Tedavi sonucunda HBeAg negatifleşir ve bu antijene karşı üretilen anti-HBe antikorları oluşur.