Hantavirüs belirtileri, enfeksiyonun türüne ve bireyin bağışıklık sistemine bağlı olarak değişiklik gösterebilir. Hantavirüs enfeksiyonunun ilk evresinde (erken belirtiler) görülen bazı belirtiler: yüksek ateş (38-40 °C); şiddetli baş ağrısı; kas ve eklem ağrıları, özellikle sırt, kalça ve uyluklarda; halsizlik, yorgunluk; iştahsızlık; mide bulantısı, kusma; karın ağrısı; ishal (bazı vakalarda). İkinci evre (geç belirtiler) ise daha ağır ve hayati risk oluşturabilecek belirtiler içerir: balgamlı öksürük; nefes darlığı; göğüste ağrı; akciğerlerde sıvı birikimi; tansiyon düşüklüğü; kalp yetmezliği. Hantavirüs belirtileri görüldüğünde, en kısa sürede bir sağlık kuruluşuna başvurulması önerilir.