Farmasötik kimya ve ilaç arasındaki fark şu şekilde açıklanabilir: Farmasötik kimya, ilaç etken maddesinin tasarımını, sentezini, yapı aydınlatmasını, miktar tayinini, yapı-etki ilişkilerini ve metabolizmasını inceleyen bir bilim dalıdır. İlaç, farmasötik kimyanın çalışmaları sonucunda üretilen, tedavi amaçlı kullanılan kimyasal bir maddedir. Özetle, farmasötik kimya ilaçların keşfini ve geliştirilmesini sağlarken, ilaç bu sürecin sonucunda ortaya çıkan üründür.