Endoskopi için kullanılan bazı temel enstrümanlar şunlardır: 1. Endoskop: Ucunda kamera ve ışık kaynağı bulunan, ince ve esnek bir tüp şeklindeki ana cihazdır. 2. İlaç Enjeksiyon İğnesi: Gerekli durumlarda ilaç enjekte etmek için kullanılır. 3. Biyopsi Pensleri: Dokudan örnek almak için özel tasarımlı penslerdir. 4. Diğer Yardımcı Aletler: Tıbbi cihazlar, kanal açıcılar ve lazer aletleri gibi işlem sırasında kullanılan ek aletlerdir. Ayrıca, endoskopi işlemine göre farklı enstrümanlar da kullanılabilir, örneğin kolonoskopi için bağırsakları temizlemek amacıyla müshil kullanılabilir.