Endoskopi sırasında hasta uyutulur çünkü bu, işlemin daha konforlu ve güvenli olmasını sağlar. Hastanın uyutulmasının iki ana yöntemi vardır: sedasyon ve genel anestezi: 1. Sedasyon: Hasta uykulu hale getirilir, ancak işlem sırasında konuşabilir ve ağrı hissetmez. 2. Genel anestezi: Hasta tamamen uyutulur ve işlem boyunca hiçbir şey hatırlamaz, bu yöntem daha karmaşık ve uzun süren işlemler için tercih edilir. Hangi yöntemin kullanılacağı, hastanın sağlık durumuna ve yapılacak işlemin türüne bağlı olarak belirlenir.