Endoskopi sırasında hasta uyutulur çünkü bu, işlemin daha rahat ve güvenli bir şekilde yapılmasını sağlar. Uyutma işlemi için sedoanaljezi denilen hafif bir anestezi uygulanır. Ayrıca, endoskopi sırasında hastanın kendini rahat hissetmesi, doktorun da rahatça çalışabilmesi açısından önemlidir. Deneyimli gastroenteroloji doktorları tarafından yapılan endoskopi işlemlerinde komplikasyon riski 2000’de 1’dir. Endoskopi öncesinde ve sırasında uyutma işlemi yapılması, bazı durumlarda hasta için risk oluşturabilir. Bu nedenle, endoskopi öncesinde hastanın tıbbi durumu detaylı bir şekilde değerlendirilmelidir.