Transplantasyonun komplikasyonları şunlardır: 1. Kanama ve hematom: Operasyon sırasında veya sonrasında kanama veya deri altında kan toplanması. 2. Yara ayrılması: Enfeksiyon, dolaşım bozukluğu ve aşırı gerginlik sonucu oluşabilir. 3. Enfeksiyon: Mikroorganizmalar için uygun bir üreme ortamı oluşturan sıvı birikimi sonucu ortaya çıkabilir. 4. Organ reddi (rejeksiyon): Bedenin yabancı organdan kurtulmak için organa karşı oluşturduğu immünolojik saldırı. 5. Hipertansiyon ve hiperlipidemi: Özellikle immünosupresif ilaçların kullanımı sonucu ortaya çıkabilir. 6. Diyabet: Özellikle HCV nedeni ile organ ihtiyacı olan hastalarda risk yüksektir. 7. Malignite: Transplantasyon sonrası malignite riski anlamlı olarak artar. 8. Pulmoner komplikasyonlar: Pnömoni ve solunum yetmezliği gibi. Bu komplikasyonlar, transplantasyon türüne göre değişiklik gösterebilir.