Organ naklinde beş ana yöntem bulunmaktadır: 1. Otogreft: Hastanın kendi vücudundan alınan doku veya organın, aynı kişiye nakledilmesi. 2. Allogreft: Genetik olarak aynı kimliğe sahip olmayan bireyler arasında yapılan nakil. 3. İzogreft: Genetik olarak aynı kimliğe sahip (örneğin, ikizler arasında) bireyler arasında yapılan nakil. 4. Senogreft: Bir türden başka bir türe yapılan nakil (örneğin, domuzdan insana kalp kapakçığı nakli). 5. Domino Nakli: Genellikle kistik fibroz durumunda, her iki akciğerin de değiştirilmesi gereken hallerde uygulanan nakil. Ayrıca, çiftli değişim ve çoklu değişim gibi karmaşık nakil yöntemleri de bulunmaktadır.