Fonksiyonel bozuklukların nedenleri genellikle karmaşık olup, genetik, çevresel ve psikolojik faktörlerin bir kombinasyonunu içerir. Katkıda bulunabilecek bazı faktörler: Stres ve travma: Fiziksel veya psikolojik travmalar semptomların gelişiminde rol oynayabilir. Değişen ağrı algısı: Fonksiyonel bozukluğu olan kişiler, beynin ağrı sinyallerini işleme biçimindeki farklılıklar nedeniyle ağrıyı daha şiddetli algılayabilir. Uyumsuz başa çıkma stratejileri: Kaçınma veya inkar gibi stresle başa çıkmanın belirli yolları, fonksiyonel bozuklukların gelişmesine veya kötüleşmesine katkıda bulunabilir. Genetik yatkınlık: Bazı insanlar genetik olarak fonksiyonel bozukluklar geliştirmeye yatkın olabilir. Fonksiyonel bozuklukların kesin nedenleri tam olarak anlaşılamamıştır ve bu konuda daha fazla araştırma yapılmaktadır.