Anjiyografi genel olarak güvenli bir işlem olarak kabul edilse de, belirli riskler taşır. Anjiyografi sonrası görülebilecek komplikasyonlardan bazıları şunlardır: girişim yapılan damarla ilgili kanama, damarın tıkanması, toplardamarla atardamar arasında fistül oluşması; girişimde kullanılan opak maddeye alerji; opak maddeye bağlı böbrek yetersizliği; anjiyo yapılan damar boyunca delinme, yırtılma; kalp krizi; ölümcül ritim bozukluğu (ventrikül fibrilasyon); anjiyo kateteri yolundaki damarlardan pıhtı atması veya damar sistemine ilaç verilmesi sırasında hava kaçmasına bağlı beyin damarlarının tıkanması ve inme. Komplikasyon riski, %1'in altında olmakla birlikte, özellikle kronik böbrek rahatsızlığı bulunan kişilerde, diyabet hastalarında ve ileri yaştaki bireylerde daha yüksek olabilir. Anjiyografi, alanında uzman doktorlar tarafından gerçekleştirildiğinde risk faktörü minimum seviyeye indirilir.